低功耗單片機MCU主要工作如下：
值守工作、定時以及負責系統的電源管理。
通過RS232與外部通信
常規溫深鹽等傳感器的數據的讀取
FPGA主要是實時讀取ADC轉換完成的數據，並通過EMIF接口讓DSP讀取來完成數據的處理，DSP外圍接口包括百兆以太網、RS232串口、SATA和SD卡的接口，能夠方便的實現數據的傳輸和存儲。
同時FPGA把ADC采樣數據通過SPI傳遞給低功耗MCU，在低功耗值守的情況下，MCU能夠完成一定運算難度的信號檢測算法（1024個點的FFT），來實現某些特征信號的檢測。
系統軟件主要實現對水聲通信信號的自主分析檢測、特征分辨以及低功耗值守與高性能處理模式轉換控制等功能。
低功耗值守模式下，模塊接收到水聽器采集的數據後，利用水聲通信主動發射信號特點，進行高虛警檢測。
高性能處理模式下，當低功耗值守檢測爲疑似水聲通信信號後，信號處理由低功耗值守模塊轉換爲高性能信號處理模塊，通過進一步精細化信號分析處理，自主分析信號載頻、調制等特征參數，實現水聲通信信號的高性能檢測與特征分辨。
